中心的主办单位为三峡大学，负责中心机构设置、人员安排、经费预算、考核管理等工作。

中心的指导机关为湖北省水利厅，主要为中心提供政策和业务指导。

中心实行主任负责制，拟聘政协宜昌市委员会副主席、民盟宜昌市委会主委，三峡大学副校长陈和春教授担任中心主任。另聘任常务副主任1名，负责日常工作。中心内设水利工程安全与灾害防治研究室、水资源保护与高效利用研究室、河湖水环境生态治理与修复研究室、水文化挖掘与开发研究室、水景观设计与生态文明建设研究室、河湖长制与水利政策研究室6个研究室。

中心设立技术委员会，负责审定中心发展目标任务、研究方向、重大学术活动和年度工作等。技术委员会委员从湖北省尤其是“宜荆荆恩”城市圈内水资源保护、水环境治理、水生态修复等领域的专家、学者中遴选。